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情不知所起，一往而深。孙之荣对清华生物系有着非同一般的感情。
1984年，孙之荣从清华自动系转入生物系，成为清华生物系的第一批复建教员。转眼之间，孙之荣从意气风发的青年变成头发花白的老者。
每当静下来的时候，他常常回忆起那年冬天只身前往生物系的场景。
清华大学的生物系始创于1926年，是我国历史上最早的生物系之一，在二十世纪三、四十年代曾经相当辉煌，仅中国科学院学部委员中就有三十多人曾在这里学习或工作过，其中包括钱崇澍、陈桢、李继侗、戴芳澜、汤佩松、吴征镒等。
然而流于炮火，清华生物系不断南迁，直到1945年后才重回北京。本以为这是一场久违的复建工作，1952年，一场全国院系调整，清华生物系所有教师、设备、以及图书资料和生物标本，尽数调至中科院、北大及其他兄弟院校，清华生物系又进入了长达32年的空白期。
光阴无情，至复系草创阶段，诺大的清华园几乎找不到一个生物专业的科班教师，仅剩西门旁一栋老生物学馆。孙之荣那年37岁，叹言：“一切都是白手起家、从头开始。”
时至今日，孙之荣仍自评“这一步子迈得极大”。如果当时没有下定决心转型，或许他一生顺遂，在自动化领域成绩斐然。然而命运却将他推向了另一条路，他便闯出了一条有数理及工程特色的生物学研究道路，与国际最前沿的生物信息学接轨，半生奔走于中国生信会议的组织宣传与学科发展。
一个人，一辈子，一条路，当如此。
奔赴清华、留校任教、投身系统工程
1965年赴清华大学读书后，孙之荣就很少再回家乡。
“父母都不在了。”孙之荣摆摆手，很小声地说完后面几个字，“忙，回不去了。”
孙之荣的老家在江苏泰州，自古有“水陆要津，咽喉据郡”之称。孙之荣形容“船多，到哪都是坐船”。1965年8月，他便是在那里收到了清华大学录取通知书。
那时去北京并不容易，需先乘船到南京，再摆渡到南京浦口，最后再转火车北上。一趟折腾下来，也要三天才能抵达。从未出过远门的孙之荣，误选了一趟慢车，从早上晃到晚上还没驶出江苏。眼看报到时间逼近，他又赶紧在徐州跳上了一列特快，终于在最后一刻赶到了北京。
孙之荣记得，时任高等教育部部长兼清华大学校长的蒋南翔有一句重要口号：清华是培养红色工程师的摇篮，学生要为国家建设服务。孙之荣所在的自动化系，就曾到北京钢铁厂、炼油厂、江苏望亭电厂参加劳动实践。
而这段经历也让奉献祖国的想法在孙之荣心里扎下根。毕业时，绝大多数学生填写的分配志愿都是西部、基层，孙之荣也提出愿去四川航天部的研究所、及甘肃玉门油田参加国家建设。
令孙之荣没想到的是，等到他1970年毕业，中止了4年（1966-1969）的大学招生工作恢复，随着第一批工农兵学员进校，孙之荣等人被分配为留校任教。
“大好年华，年轻人都想去祖国偏远地区闯一闯。转念一想，留校也大有施展空间。”
七十年代，我国外交取得重要突破，顺势制定了“四三方案”，投资约200亿元人民币，建设了26个大型工业项目，包含化肥、化工、钢铁、石油等，而孙之荣所授的“过程控制”，就与这些项目息息相关。
打个比方，火力发电站需要用水蒸气推动汽轮机，汽轮机带动发电机转动发电，其中的关键是精准控制水和蒸气的界面，既不能水蒸气过多，导致锅炉烧干了，也不能全是水，导致动力不足，所以很多过程离不开控制，因此得名“过程控制”。
为适应国家工业建设和国防建设的需要，清华在70年代对自动化系进行了重新规划：以控制论为基础，培养能设计、运行自动控制系统的专门技术人才。此外，为培养适合中国工业化发展的高层次人才，试点“清华研究生班”的两个试点，其一就有自动化系。据孙之荣回忆，自动化系有很雄厚的师资，常迵、方崇智、郑维敏、童诗白、吴澄、李衍达等教授，都是其中的杰出代表。
常迵、方崇智、郑维敏、吴澄、李衍达
孙之荣二十岁出头，肩上的担子不轻，先后带领1970-1974年、1974-1978年两届工农兵学员，待1978年恢复全国性高考，他又投入到了更广泛的教学工作中。1979年，我国建成两弹一星、三线工程、潜艇飞机以及相应的工业体系后，清华自动化系因时制宜做出调整——将计算机系的部分教师纳入学科队伍。与此同时，已过而立之年的孙之荣也发生了重要转变，转向应用空间更大的系统工程。
实际上，孙之荣的这一决定已酝酿许久。
1978年9月27日，钱学森的一篇理论文章——《组织管理的技术：系统工程》引起巨大反响，由此创立系统工程中国学派。孙之荣对这篇文章深有感触，“很多生产过程控制大多在工厂开工之前就设计好了，但系统化的工程设计刚刚开始，它包罗万象。”
孙之荣印象最深的一回是在1981年。那年他在国家外贸礼堂召开系统工程的普及讲座，报告题目取为《系统工程与存储管理》。一小时的报告话音刚落，时任国家物资总局局长快步走上前，满含赞许地握着对孙之荣的手道，“你讲得真解渴啊！”
这位局长是为物资总局储存的事而来。对方提到，“物资局属于计划经济的产物，也是我国的重要战备力量，所以要妥善处理物资收储、调用、中转和日常管理。能不能把你的系统工程用在库存管理上？”
实际上，孙之荣最大的心愿就是把系统控制技术用在经济领域，两人一拍即合，竟有一种相见恨晚的感觉。后来在他的努力下，物资存储工作顺利进行。
有了这次经验，孙之荣的所学迎来了更大的施展机会——为山西平朔安太堡露天煤矿做公司投标的可行性论证。
这是当时世界最大的露天煤矿，因此选择哪个公司开采、怎么开采，都至关重要。得此机会，孙之荣认识了数位系统工程的专家：中科院系统科学研究所的刘源张、顾基发、甘兆熙，军事科学院的朱松春，社会科学院的周方等教授。
在孙之荣心中，他们都是中国的系统工程战略科学家。这也让他更加认可自己的价值——一切都是围绕国家发展大计。
那时，孙之荣只是清华一个科教工作者，无论是年龄还是项目经验都是一个晚辈，他就利用一切时间做调研。白天授课后的间隙，晚上回家后的几个小时，就连路上的时间也被他抓来用。回忆起那段时间的痴迷劲，孙之荣说，“脑袋好像一刻不停地琢磨事。”
或许可以用一句“福祸相依”来形容，山西平朔煤矿的项目很快被确定为中外合资“试验田”，直接由西方石油公司的董事长哈默接手，孙之荣等人的前期研究因此终止。
时隔四十年，孙之荣讲起此事，还是说“多亏了几位老大哥及时赶来为我指了出路”。
事实上，几位老大哥的交代很简单，只用了一句话，“小孙，你还年轻，还有发展的余地，试试将系统工程和生物学联系起来。”
往后孙之荣曾多次谈起此事，想来对他印象深刻。他说，许多事情是机遇。比如物资管理、煤矿开发，他事先不知道并不知道能参与到经济建设中，也不可能预先去做充分的准备。但就在整个过程中，他把应该做的事做了，还完成得非常好，这样建立起来的信任度，不是轻易能够动摇的。
复建生物系、骑行农科院，结识生化界一号人物
从那以后，孙之荣便走进了另一条路。
孙之荣觉得，要对生物学问题进行控制、信息、系统工程的研究，一定要深入了解生物学这个研究对象。1984年8月，孙之荣转入清华生物系，成为该系复建后的第一批重要青年骨干。
生物系在清华早有根基，老生物系于1926年成立，经1952年全国高校院系调整，清华生物系分散并入北大、中科院生物研究所等，清华生物系就此中断。直到改革开放后，赵南明等一批学者（创立清华生物物理研究室并担任主任)公派出国访学，才意识到世界科学的重心正在向信息科学和生命科学转移，此后与校长等人开始筹划生物系的复建。
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