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每次看到家中昙花盛开，周耀旗会想到自己的科研生活：长时间寂静，一霎那绽放。这些年里，他找到了一种打理自己的方式，就是把自己的经验教训写进博客。他乐于将个人的故事与公众分享，如同他总会接纳外界的声音。
当全世界都沉浸在进入新世纪的喜悦时，37岁的周耀旗在家中挑灯夜战，他憋了一口气，要写出一份最好的申请书，拿到他独立研究时的第一笔经费。
从2000年开始，每年的申请季，周耀旗就会陷入时刻琢磨申请书的状态。但直到第三年，他才拿到首笔经费。
周耀旗的女儿曾在日记中写道，“有几次，爸爸刚放下怀里的电脑，才夹了一筷子菜，突然想起什么，冲向沙发，抓起电脑，乒乒乓乓一阵敲打。”
那是周耀旗的第一份教职，学校坐落在纽约州第二大城市布法罗。
彼时，那位刚从哈佛大学离开的博士后，师从诺贝尔奖获得者Martin Karplus、直博就读于杨振宁所执教的纽约州立大学石溪分校、八十年代中美化学研究生项目中的两百余人之一，在20世纪刚刚结束时，结束了他16年的求学岁月。
在外界看来，那些经历本应是周耀旗最大的荣耀与敲门砖，但从他做独立研究的那一刻，所有的光环仿佛消失了。
他困顿、焦虑、沮丧、又重振旗鼓，用新成果对抗失败。
在那些漫长的探索中，有一条周耀旗始终坚持着的科研主线——蛋白质结构里的二面角的预测。他自嘲，做的是科研中的“边角料”工作，却将那些不起眼的工作做到极致。
正是有那些积累，让他第一个把深度学习方法应用到蛋白质主链结构预测中。早在谷歌大热的AlphaFold出现之前，就与团队发展了神经网络回归预测蛋白质真实二面角，推断出蛋白质结构的预测方法，是端对端的蛋白质结构预测在神经网络外的实现。
在科研的另一面，周耀旗的经历同样吸引人。
他离家张家港，学至中科大，东征纽约直博，西至加州创业，辗转重回纽约，博士后南下北卡，又北上哈佛，在布法罗、印地安纳、澳洲，度过了二十年的教学岁月。
从周耀旗身上，我们能看到一个科研人如何延续学科中的最小分支，也能看到一个人的三十年，是如何创业折返、三换导师、四次跳槽，以及无数次经费被拒的经历。
如今，在与祖国阔别了36年后，周耀旗来到代表中国40年发展奇迹的城市，在深圳湾实验室里，开始新的故事。
一次被“抓壮丁”的出国机会
“没主见、不主动、不爱说话，只有学习好一点。”这是周耀旗的父亲给他的评价。
1963年，周恩来在上海科学技术工作会议上，强调实现科学技术现代化时，周耀旗出生了。
六十年代，周耀旗的家乡张家港依港而兴，成为那个年代最早对外开放的窗口。那时的周耀旗不会想到，自己将从这个小港口出发，在大洋彼岸开始36年的异国生活。
周耀旗在国内读书时有两个重要经历，一次是提前冲刺高考，一次是意外获得出国机会。
1979年，读高二的周耀旗作为毕业生参加高考，尽管高一时冲击未果，但这一次，他顺利考进了中国科学技术大学，并以化学高分的成绩录取到近代化学系。
至于为何学起了化学，周耀旗说道，79年的高考化学特别难，自己倒是发挥不错，也就因为这个优势，填了中科大的近代化学系。
后来，周耀旗才知道，那一年，全国有468万学生走进考场，录取约28万，录取率不足6%，而他就是当中幸运的一份子。
周耀旗在中科大校门口
第一次去外省上大学，16岁的周耀旗有些忐忑不安，但班里同龄人不少，也就很久适应了。
他有一本小本子，上面记录了很多灵光乍现的“民科”想法，比如人死后会不会投胎、太阳系、原子和夸克结构的关系，什么样的老师最受欢迎，其中一些小文章还登过中科大校刊。
在同学看来，周耀旗特别喜欢胡思乱想，还有点专攻旁门左道，好几门课徘徊在及格线，外号“爱因斯坦”。
好在七、八十年代，学术气氛高涨，李政道、杨振宁、丁肇中等华人接连获得诺贝尔物理学奖，周耀旗那些稀奇古怪的想法算不上离经叛道，还暗中为他从事需要冥想的理论研究打下了基础。
在中科大的五年（五年制本科）里，周耀旗疯狂读书，弥补了少时无书可读的窘迫。
转眼到了1984年的夏天，大学生活就要结束时，周耀旗突然有了一股迷茫感，他也像大多数毕业生一样，对走向社会手足无措，他不止一次想，“自己还这么小，资历尚浅，能到社会上做些什么呢？”
大多数同学考研，周耀旗也跟风，幸运的是，他几乎没有备考，顺利考上了本校的理论化学研究生。
此时的周耀旗还没想到，就是这紧要的一步，改变了他一生的命运。
上世纪八十年代，邓小平关于出国留学的指示促成了三大项目：CUSPEA（中美联合物理研究生招生计划）、CUSBEA（中美联合生物研究生招生计划）、以及CGP（Chemistry Graduate Program）——中美化学研究生项目。
在那段持续了五年的CGP项目中（1982-1986），共用242名化学系学生奔赴美国和加拿大，成为国内开启基础研究的关键。
1984年，周耀旗所在的中科大分到了6个出国统考名额。按照遴选标准，需要在有出国意向的应届中国化学系研究生考生中统一考试，择优录取。
但考试结束，有几个学生因为英语和政治没过及格线，以数分之差落榜出国统考。
6个名额迟迟不满，中科大近代化学系的系主任突然想到周耀旗——已经考上本校研究生，虽然没有出国意向，去充个数也好。
出乎大家的意料，当年的CGP考试仅有3个中科大学生通过了两轮筛选，而出国排名的最末尾，就是周耀旗。
对冷不丁窜出来的周耀旗，老师和同学都大为震惊，称他是系里的一匹“黑马”。
但在那时，周耀旗对出国没有什么概念，认为自己不过是赶巧被抓去“充了壮丁”。毕竟他在中科大的成绩中等，也从没得任何奖，无论如何也轮不到自己。
对于突如其来的出国机会，周耀旗兴奋又发怵。从小学到高中，他去过最远的地方就是邻县的亲戚家，大学也只是去了邻省，离家不过五百公里。而现在，要去往大洋彼岸，还要选择一所美国学校，一切都太陌生了。
CGP成员在广州留影，周耀旗（后排右五）
按规定，所有入选学生要在中山大学进行一年的英语集训，期间周耀旗得知，一个同班同学王主伦去了纽约州立大学石溪分校就读，他也赶紧写上了这所学校。
周耀旗清楚记得，这是偶像杨振宁所执教的学校，1985年，正是杨振宁在石溪的第19个年头，在他的率领下，该校的理论物理研究所多次获得国际大奖。
此时的周耀旗，还仿如一张白纸，但他知道，自己也即将与这所学校结下情缘。
科研的“至暗时刻”、三个人的创业公司
在历经两天的轮航中转后，周耀旗终于踏上了美国的土地。他打量着这个新世界，不曾想，他直博的起点，却是他科研生涯中的“至暗时刻”。
出国前，周耀旗就确定了心中的导师首选——石溪化学系主任Jerry Whitten，一位国际上负有盛名的量化计算理论研究学者。此前，周耀旗的本科毕业论文也是这一方向。
但当周耀旗到了石溪，Whitten的第一句话是，“你可以找任何一个教授做导师”。这让初到英文环境中的周耀旗误以为系主任对他不感兴趣，只好重新找起了导师。
1986年春，周耀旗决定，去系里“唯二”做理论研究的Harold L. Friedman教授那里毛遂自荐。
他一门又一门地说出自己在石溪的成绩时，Friedman看着眼前这个功课全A的中国学生，一股好感突然冒了出来，不到五分钟，就把周耀旗收进了自己组里。
就这样，周耀旗“糊里糊涂”地跟着Friedman做起了液体统计力学理论——一门他在国内听都没听过的学科。
但这段博士生活并不轻松。根本问题是周耀旗并不适应Friedman的教研风格，往往因为Friedman给的方向太确定，没有什么可变的余地，而不确定是否找到了喜欢的科研。
在不适合的方向上，周耀旗的成果几乎为零。他曾在博客中写下，“导师给的几个题目，我做出来的结果总是和原来的设想相反，方法不仅没有改进，还变得更糟糕，最后连导师都不知道该给我什么题目了。”
而Friedman显示出极大的耐心，他知道这位学生只是一时没找对门路罢了，常常鼓劲儿似地问周耀旗：“Anything exciting?（有激动人心的结果了吗？）”。
听到导师这样问，周耀旗心情更加复杂，“如果再做不出成果，岂不是坏了Friedman的名声。”
经历一年的痛苦磨合，1987年，原来化工系的George Stell教授转到了周耀旗所在的化学系做全职教授。为了帮助周耀旗推动进展，Friedman马上向Stell建议，一起带带这位“不出活”的学生。
于是，在石溪的第三年，周耀旗多了一个导师。
Stell的教育方法完全不一样，他不给学生具体的课题，而是拿出一堆自己认为有题可做的论文，让学生去分析。这给了周耀旗很大的“创作自由”，也似乎解开了周耀旗零成果的死循环。
不久后，周耀旗想到一个思路，如果把一个硬球的半径变成无穷大，那么液体统计里的积分方程，就能跳出三维径向硬球体系，转而研究出硬球在一个硬平面附近的分布。
顺着这个思路，周耀旗举一反三。他把一个硬球体系继续变形，从常规球体变为球形孔穴、柱型孔穴、两个硬面、半透膜(球型，平面型，球内半透，球外半透)，直到把所有硬球体系都做了一遍。延续这个方法，周耀旗又将球体推广到离子体系，一口气发表了6篇论文。
在找到研究的门路后，周耀旗显示出了极高的研究热情，论文也变得高产。
他复制此前的成功，在以前论文的基础上，将两个自由离子看作一个分子体系，得出了溶解自由能随离子间距离的变化，从而推断出电子转移反应的溶剂效应。在这个方向上，周耀旗又发表了8篇论文。
在博士的最后三年里，周耀旗一共在凝聚态理论方面发表了22篇论文。其中19篇是第一作者，还有多篇成为了液体统计理论上的开创性工作。
毕业前，周耀旗写下一首打油诗，他以此记录自己那五年中的混沌与觉醒。
“乘风驾云把西征，面壁五年为求真。悬梁刺股秋风寒，冬天过了终于春。”
周耀旗（右一）与两个导师以及表情各异的同学们合影
1990年3月，长岛的寒冰刚刚破碴，周耀旗的科研生涯告一段落，第一次站在了人生的十字路口。
原来从来没有想过留下来的他，由于当时国内外的社会气氛，回国的念头被打消，但也不知道找工作怎么找，从哪里开始。
这时，校友张永峰打来了电话。他曾在中科大做过老师，通过杨振宁特别项目在石溪读了计算化学博士，毕业后去了加州理工做了诺贝尔奖获得者Rudolph A. Marcus的博士后。
他邀请周耀旗加入应用物理化学实验室（Applied Phys and Chem Lab，APCL），去从事量子化学方面的科研。
去了之后周耀旗才知道，这是一家3个人的初创公司，好在刚开始日常工作与周耀旗的博士研究相差不大，随遇而安的他每天兢兢业业，动脑卖力，很快发表了一篇量子化学方面的论文。
但不久，公司发现搞科研没有“钱”途，转型成为营利公司，专做环境保护测试。周耀旗也跟着换了岗位，做起了实验室信息系统管理、市场、推销、客户服务、业务管理，不久成了全面负责的实验室主任。
周耀旗（右一）与加州应用物理化学实验室（APCL）同事合影，张永峰（左一）
这是他的第一份工作，但三年过去，创业新鲜感消失了，日常工作也变得重复琐碎。虽然那时公司事业变得蒸蒸日上，团队从几个人到了二十多个，但周耀旗却开始自我质疑，“人活着难道就是为了挣钱？这是做事业的感觉吗? 如果钱赚得多一点，做管理就算有出息的话，这样的出息有什么劲？”
他特别怀念一门心思做科研的日子，那种生活虽然也非常辛苦，但自己享受那个过程。
“如果能做自己喜欢的科研，还能有口饭吃，岂不是更好？”
三十岁那年，周耀旗下定决心：回去做学问，赌一赌自己有没有做教授的命。
周耀旗选了一个“崭新”的日子：1994年1月1日，他辞掉了自己的第一份工作，回到石溪，在两个博士导师那做起了博士后。
在周耀旗看来，这不是走回头路，而是重新获得了一段沉浸自己的时间。多年后，周耀旗这样描述这段时光，“我是三十才立志，才知道自己该追求什么。”
他在博客中一字一句写下，“三十岁以前，我一直是随波逐流，没有自己的主见，别人替我做选择。之后的日子，我要自己做决定，就算衣带渐宽，几经波折，从此浪迹天涯，也无怨无悔。”
三换博士后导师、连投三年简历
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