在这一集中，小智一行人来到了飞云市，并且遇到了道馆馆主亚堤，亚堤认为最近虫系宝可梦显得焦躁不安，于是他们来到了飞云市的地下水道查看有没有什么异常，结果发现了一只被卡住的百足蜈蚣，照顾完则指百足蜈蚣之后，一行人发现还有其它的百足蜈蚣出没，于是回到了地面，接下来可怕的一幕是大群体是百足蜈蚣入侵了城市的各个角落，造成了城市居民的恐慌，而针对于百足蜈蚣为何会入侵城市，飞云市只能请求红豆杉博士查明原因。
调查百足蜈蚣入侵城市的原因：
在这过程中，小智一行人还遇到了修帝，修帝和其他训练家想用暴力手段驱逐百足蜈蚣，但亚堤提议可以把百足蜈蚣都聚集在飞云市的中心广场，待红豆杉博士查明原因后再做进一步的对策，在这过程中，修帝也帮助了小智一行人，最后在把百足蜈蚣都聚集起来之后，红豆杉博士赶到，并且提出有能量正在向飞云市附近的荒野名胜区涌入，地下的百足蜈蚣正是受到了能量影响才不得不迁徙，为了调查能量谜团，小智一行人随红豆杉博士以及君莎小姐前往荒野名胜区。
被砍掉的后续两集：
而接下来发生的故事，在动画里则没有了后文，本来预告中后续的剧集为两集，标题为《火箭队对等离子队》（分前后篇），但是因2011年3月11日日本东北地方发生大地震，而本片的剧情中又包含城市被破坏的场景，导致这两集到目前为止都没有再被放出来，且因为本集被推迟播放的缘故，等离子队无法在《宝可梦超级愿望》第一季登场，之后的动画制作计划被打乱，导致第一季的邪恶组织剧情最终还是以火箭队的为主（上图为原定剧集里的画面）。
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